En tant qu'agence technique spécialisée dans l'énergie de l'Union africaine, l'AFREC relève du Département des infrastructures et de l'énergie. Le département est dirigé par S.E. Dr Amani Abou-Zeid, Commissaire des infrastructures et de l’énergie. Ses décisions au plus haut niveau sont prises par le Comité technique spécialisé des transports, des infrastructures transcontinentales et inter-régionales et de l'énergie (CTS-TTIIE), qui se compose des ministres de l'énergie, des transports et des travaux publiques de l'ensemble des pays africains. Les décisions du comité sont adoptées par l’Assemblée des chefs d’Etats et de gouvernement à travers le Conseil Exécutif de l’UA.